玄烨继位后，四辅臣“擔当国事，裁决庶务；入白太后，则别无可否，惟唯诺而已。”可见孝庄放手使用，四辅臣权力很大。加之缺乏监督、约束的机制，辅臣中个别人逐步走上结党营私、擅权乱政之路。
由于历史的原因及某些政见不同，辅臣中两黄旗的索尼(正黄旗)、遏必隆、鳌拜(镶黄旗)，与正白旗苏克萨哈的关系日渐紧张。另一方面，随着时间的推移，鳌拜居功自傲，权力欲逐步滋长，他联合遏必隆，扩展镶黄旗实力，擅杀朝中与自己存有积怨的满臣，专横跋扈的作风愈来愈显著。
四辅臣于辅政期间做了不少有益的事，然而对处理满汉关系，却采取保守、倒退方针，在恢复祖制、首崇满洲的旗号下，歧视汉官，使后者的积极性受到严重挫伤。当时，反清复明的战火尚未完全平息，经济凋敝，百废待兴。因满臣还缺乏治理经验，又不能与汉官密切合作，以致大大妨碍了国家机器的正常运转，而一些投机分子逐步取得辅臣信任，为非作歹，更加重了问题的严重性。玄烨亲政前夕，已是“学校废弛而文教日衰”，“风俗僭越而礼制日废”，地方、朝中弊端丛生。
玄烨年龄还小，对此自然难以应付，但政治经验丰富的孝庄，却不露声色地密切注视事态发展，在继续任用辅臣的同时，采取了一些防患于未然的措施。
康熙四年(1665年)九月初八日，禀照祖母慈谕，12岁的玄烨举行大婚典礼，索尼的儿子内大臣噶布喇之女赫舍里氏正位中宫，遏必隆之女落选，成为皇妃。
在为孙儿择立皇后时，孝庄舍去遏必隆之女，选中赫舍里氏，旨在防范鳌拜借镶黄旗之女成为皇后之机，进一步扩大实力，同时也是针对主幼臣骄的情况，对清朝元老索尼及其家族予以荣宠的笼络措施。
孝庄此举还改变了皇太极和福临时期，皇后莫不出自蒙古博尔济吉特氏的惯例。这并不意味着忽视满蒙贵族联姻政策，而是从巩固皇权、安定政局的现实需要出发，反映出这位杰出女性的战略眼光与灵活策略。
玄烨大婚标志少年皇帝正在步入青年，其亲理政事已为期不远。换言之，孝庄是以此为孙儿早日亲政制造舆论，打下基础。
当鳌拜得知玄烨选后的结果时，因希冀落空，“心怀妒忌”，气恼万分，竟与遏必隆一起入宫“奏阻”。这恰恰证明孝庄此步棋的巧妙:既分化了四辅臣，使索尼同鳌拜之间出现芥蒂，又促使索尼更为效忠皇室，增加了皇室的力量。不过，从其后情况看，孝庄这时对鳌拜还未完全失去信任，仍希望他在辅臣任内能够善始善终。
康熙五年(1666年)，发生圈换土地事件。鳌拜在索尼、遏必隆支持下，将清朝入关初期圈占土地时分配给镶黄旗与正白旗的土地，强行互换，并再次圈占大量土地，致使广大农民流离失所，加剧了满汉民族矛盾。三辅臣还不顾玄烨的反对，矫诏将反对此举的大学士管户部事务苏纳海(正白旗)等三名大臣处死，造成一大冤案。这一事件说明，鳌拜并未领会孝庄的包容苦心，在擅权乱政路上愈走愈远。因此，孝庄也相应采取了进一步措施。
康熙六年(1667年)七月初七日，玄烨“躬亲大政”，辅臣“仍行佐理”。孝庄特为孙儿收权安排一过渡阶段，以使他在实践中逐步提高;同时也让辅臣有个适应过程，将他们因交权而产生的失落感，减少到最低程度，从而保证此次权力交接稳妥进行。
可是，树欲静而风不止。康熙六年六月索尼去世后，鳌拜成为首席辅臣，遏必隆对他亦步亦趋，苏克萨哈更加孤立。玄烨亲政伊始，苏克萨哈请求“往守先帝陵寝”，以期迫使鳌拜、遏必隆也辞去辅政。鳌拜为清除异已，独掌辅政大权，竟罗织苏克萨哈的“罪状”，企图将他置于死地。尽管玄烨坚决反对，但鳌拜等不肯罢休，一连七日强奏，竟将苏克萨哈及子孙全部处死，并籍没家产。
苏克萨哈被清除后，鳌拜的权势进一步扩大。他飞扬跋扈，“欺君擅权”，“文武各官尽出门下”，甚至在“御前呵叱部院大臣，拦截章奏”。玄烨去海子(南苑)狩猎时，让随行的鳌拜奏闻祖母，鳌拜“乃不遵旨，反云皇上自奏”，全然不把玄烨放在眼中。他的种种行径，已构成对皇权的严重威胁。至此，孝庄终于作出决断，支持并指点孙儿拟定清除鳌拜集团的全盘部署。
此前，玄烨已开始广泛求言，制造舆论，通过各种举措，纠正辅臣的种种失误与施政弊端，这使朝中人心振奋，玄烨威望日增，鳌拜逐渐孤立。与之同时，玄烨在身边聚集起一批年轻的满族贵族成员，索额图即是其中的突出代表。索额图为索尼之子，孝庄选中他的侄女赫舍里氏做皇后，加深了索尼家族与清皇室的关系，也加强了正黄旗对皇室的向心力，并影响到镶黄旗。索额图对玄烨十分忠诚，在清除鳌拜集团的过程中，成为玄烨得力的助手。
鳌拜集团附者甚众，盘根错节，已控制中央机构各要害部门。为最大限度地减少动荡，孝庄帮助玄烨制定了“擒贼先擒王”，迅速打击主要党羽，震慑其他成员，稳妥解决问题的基本策略。据此，玄烨命索额图秘密组织起一支善于扑击的少年卫队，又于行动前，有意将鳌拜的部分党羽遣往外地，以分散其力量。可以肯定，玄烨还采取了其它一些周密部署。
康熙八年(1669年)五月十六日，鳌拜奉召进宫，旋即被卫队擒拿，其主要党羽也先后被逮捕归案。考虑到鳌拜以往的功绩，玄烨对他予以宽大处理，免死，籍没家产，终身监禁;对其众多追随者，也只处死最主要的几人，其余一律宽免;就连遏必隆也被免罪，仅革去太师，后又给还公爵，值宿内廷，恢复对他的信任，从而团结了镶黄旗。
清除鳌拜集团，排除了威胁皇权的潜在危险，踢开清朝向前发展的绊脚石后，玄烨真正掌握了清朝大权。他在“首崇满洲”的原则下，着力改善满汉关系，崇儒重道，发挥汉族官员积极性，发展生产，恢复经济。短短几年内，政局进一步稳定，得到汉族地主阶级更广泛的拥护，经济也有起色，为其后平定三藩之乱，打下重要基础。
铲除鳌拜集团这场惊心动魄的政治较量，是玄烨君临天下后，祖母对他的一次关键性指导与帮助。当时，玄烨年仅16岁，还缺乏足够的智谋与经验。若无祖母的指教，他很难在亲政后第三年，便一举铲除这一把持朝政多年、势力颇大的宗派集团，稳妥、彻底，不留后患。显然，鳌拜集团存在时间愈长，对清朝的危害愈大，势必积重难返;如果玄烨的治国方针受到阻挠，三藩之乱将更加旷日持久，康乾盛世的出现也会大大推迟了。
对鳌拜集团的斗争过程中，孝庄、玄烨祖孙相互加深了解，感情更为深厚。其间，玄烨表现出他那一年龄少有的胆略和杰出组织才能，使孝庄满意而欣慰;另一方面，玄烨也从祖母身上学到很多东西，除去缜密的思想方法，坚决、果敢的作风外，对他印象最深的，是祖母对人处事宽厚豁达的态度。正是在祖母的影响下，他处置鳌拜及其党羽时，运用宽严相济，打击面小，安抚、团结绝大多数朝臣的策略，收到人心安定、朝政稳固的效果。孝庄的言传身教，使玄烨逐步具备了一代名君所应有的宽阔心胸与气度，这不仅在此次斗争中显示出来，在他其后的漫长统治岁月里，无论是平息党派之争，处理二废太子事件，或采取其它重要举措，这种方针、策略依然被保留下来。足见孝庄的智慧、品德与作风，已经体现在孙儿身上，由他继承并发扬光大了。
还需指出，孝庄指导玄烨宽大处理鳌拜集团，也是对当年两黄旗大臣同心合力，拥立幼主(福临)的回报，表明她为保护幼孙，并从清朝的长远统治计，不得不清除对她效忠多年的老臣时，仍旧手下留情。作为最高统治集团的核心人物之一，这种做法尤为难能可贵。
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